尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，有疣状增生损害；阴囊湿疹是由多种内外因素引起的阴囊皮肤炎症反应，以瘙痒、皮疹等为主。
首先看皮疹形态，尖锐湿疣常表现为单个或多个淡红色小颗粒，逐渐增多变大，呈菜花状、乳头状等；而阴囊湿疹的皮疹多为对称分布的丘疹、水疱等，边界一般不太清晰。其次，发病原因不同，尖锐湿疣主要通过性接触传播；阴囊湿疹则与过敏、局部潮湿等多种因素有关。再者，症状表现有差异，尖锐湿疣一般无明显瘙痒或有轻微瘙痒；阴囊湿疹瘙痒症状通常比较剧烈。
另外，病程方面也有区别，尖锐湿疣病程相对较长，且容易复发；阴囊湿疹经过规范治疗后，症状缓解相对较快，但易因诱因再次发作。
还有好发部位，尖锐湿疣好发于生殖器及肛门周围等部位；阴囊湿疹主要局限于阴囊部位，有时可延伸至肛周等。
