尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的良性病变，阴茎癌是源于阴茎头、冠状沟和包皮内板黏膜以及阴茎皮肤的恶性肿瘤，二者性质不同。
首先，尖锐湿疣通常表现为生殖器部位的菜花状、乳头状赘生物，生长相对缓慢。而阴茎癌多有局部溃疡、肿块，且可能伴有出血、渗液等，生长速度可能较快。其次，尖锐湿疣一般通过性接触传播等，而阴茎癌的发生与包皮过长、卫生状况差等多种因素相关。再者，病理检查是区分两者的金标准，尖锐湿疣病理可见特征性的挖空细胞，阴茎癌病理则是恶性肿瘤细胞的表现。
另外，尖锐湿疣一般经过规范的抗病毒等治疗可好转，而阴茎癌需要手术、放化疗等综合治疗，预后相对复杂。
还有，尖锐湿疣患者多有不洁性生活史等相关诱因，阴茎癌患者往往有包皮过长等基础情况。
