尖锐湿疣多为单个或多个散在的淡红色小丘疹，扁平湿疣则是扁平的、湿润的丘疹或斑块。
首先看形态，尖锐湿疣通常是尖锐的乳头样、菜花样外观，而扁平湿疣呈扁平状。其次看好发部位，尖锐湿疣好发于生殖器、肛门等部位，扁平湿疣除了这些部位，还常见于肛周、腹股沟等。再者从病因来看，尖锐湿疣由人乳头瘤病毒感染引起，扁平湿疣是由梅毒螺旋体感染所致。
另外，在实验室检查方面也有区别，尖锐湿疣可通过检测人乳头瘤病毒相关指标来确诊，扁平湿疣则需检测梅毒螺旋体相关抗体等。
还有临床表现的细节，尖锐湿疣一般无明显自觉症状或有轻微瘙痒，扁平湿疣可能有轻度瘙痒或烧灼感。
