毛囊炎多由细菌感染引起，表现为毛囊部位的红、肿、热、痛丘疹；尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所致，多为菜花状、乳头状赘生物。
首先，病因不同，毛囊炎主要是细菌等病原体感染毛囊引发，而尖锐湿疣是特定病毒感染。其次，外观表现有差异，毛囊炎的丘疹相对局限，尖锐湿疣的赘生物形态更具特征性，呈菜花等形状。再者，好发部位不完全相同，毛囊炎可发于多部位毛囊，尖锐湿疣好发于生殖器等部位。
另外，毛囊炎一般经抗炎等治疗可较快好转，尖锐湿疣治疗相对复杂，需针对病毒进行处理。而且两者的发病机制也不一样，毛囊炎是毛囊局部的炎症反应，尖锐湿疣是病毒导致的上皮增生性病变。
还有，从传染性来看，毛囊炎传染性较弱，尖锐湿疣传染性较强，是性传播疾病之一。
