阴茎癌多有肿物经久不愈、溃疡边缘硬、易出血等表现；阴茎尖锐湿疣多为菜花状、乳头状赘生物，多有不洁性接触史。
首先看肿物形态，阴茎癌肿物常呈溃疡状，边缘不整齐且硬；而尖锐湿疣多是菜花或乳头样外观。其次病史方面，尖锐湿疣患者多有不洁性生活史，阴茎癌一般无此特定接触史。再者，触感上，阴茎癌肿物质地相对硬，尖锐湿疣赘生物质地相对软些。
另外，病理检查是金标准，取病变组织做病理，尖锐湿疣可见特征性病毒感染表现，阴茎癌则是恶性肿瘤细胞形态。
还有发展速度，阴茎癌生长相对较快，尖锐湿疣生长速度相对较缓，但这不是绝对区分点。
