乳头状瘤与尖锐湿疣可从病因、症状表现、病理特点来鉴别。
首先病因上，乳头状瘤多由局部刺激等因素引起，而尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致。其次症状表现，乳头状瘤一般是单个或多个乳头状突起，形态较规则；尖锐湿疣通常是菜花状、乳头状等，多有高危性行为史相关表现。再者病理特点，乳头状瘤病理检查可见乳头结构，而尖锐湿疣病理有特征性的挖空细胞等改变。
另外，乳头状瘤生长相对缓慢，尖锐湿疣生长速度可能相对较快。而且两者好发部位也有一定差异，不过这不是绝对的鉴别点。
还有，通过实验室检查HPV分型等也能辅助鉴别，乳头状瘤一般HPV分型无特定尖锐湿疣相关型别。
