尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起，表现为菜花状、乳头状赘生物；疱疹是由疱疹病毒引起，多表现为群集性水疱。
首先，病因不同，尖锐湿疣由人乳头瘤病毒导致，疱疹由疱疹病毒引发。其次，症状表现有别，尖锐湿疣主要是皮肤黏膜的赘生物，疱疹则是出现水疱等。再者，治疗方面也不一样，尖锐湿疣多需局部去除疣体等处理，疱疹主要是抗病毒治疗。
另外，尖锐湿疣好发于生殖器等部位，疱疹也可出现在多种部位，但表现形式差异明显。而且两者的复发情况等也有不同特点。
在诊断上，可通过临床表现、实验室检查等区分，医生会依据具体情况来判断是哪种疾病。
