可从形态、生长速度、接触性等方面辨别，珍珠疹多规则排列，尖锐湿疣常呈菜花状等。
首先看形态，珍珠疹一般大小均匀，排列规则，多环绕龟头；而尖锐湿疣形态多样，常呈菜花状、乳头状。其次看生长速度，珍珠疹生长缓慢，长时间无明显变化；尖锐湿疣生长相对较快，会逐渐增大增多。再者接触性方面，珍珠疹一般无特殊感觉，尖锐湿疣可能有瘙痒、异物感等。
另外，珍珠疹通常不会传染他人，尖锐湿疣具有传染性。还有，去医院做醋酸白试验等检查也能辅助鉴别，珍珠疹醋酸白试验多为阴性，尖锐湿疣多为阳性。
最后，从发病部位看，珍珠疹多见于龟头边缘；尖锐湿疣可出现在生殖器多个部位。
