判别生殖器疱疹和尖锐湿疣可从症状表现、发病部位等方面入手。
首先看症状，生殖器疱疹常表现为簇集或散在的小水疱，后破溃形成糜烂或溃疡；而尖锐湿疣多为菜花状、乳头状等赘生物。其次看发病部位，生殖器疱疹好发于生殖器及肛周等部位；尖锐湿疣也多见于生殖器、会阴、肛门周围等部位，但形态有差异。另外，发病过程也不同，生殖器疱疹有复发倾向，尖锐湿疣相对更易持续生长。
从病因角度，生殖器疱疹由单纯疱疹病毒引起，尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所致。这也导致了它们在症状和发展上的不同特点。
在诊断时，医生会综合病史、症状、体格检查及实验室检查等多方面来准确区分两者，以便进行针对性治疗。
