阴茎珍珠样丘疹一般是环绕阴茎冠状沟的珍珠状半透明小丘疹，而尖锐湿疣是菜花状、乳头状等赘生物，生长速度较快。
首先看形态，阴茎珍珠样丘疹多为规则的小丘疹，排列整齐。而尖锐湿疣形态多样，常呈菜花状等。其次看生长速度，阴茎珍珠样丘疹生长缓慢，尖锐湿疣生长相对较快。再者看发展情况，阴茎珍珠样丘疹通常不会明显增多、增大，尖锐湿疣可能会逐渐扩散、增多。
另外，阴茎珍珠样丘疹一般无自觉症状，尖锐湿疣可能会有瘙痒、异物感等不适。还有通过醋酸白试验，阴茎珍珠样丘疹醋酸白试验阴性，尖锐湿疣醋酸白试验多呈阳性。
最后，从病史来看，阴茎珍珠样丘疹多是生理性变异，尖锐湿疣多有不洁性接触史。
