寻常疣多由人乳头瘤病毒2型感染引起，好发于手部等部位；尖锐湿疣主要由人乳头瘤病毒6型、11型等引起，多发生在生殖器及肛周等部位。
首先看发病部位，寻常疣常见于手部等暴露部位，而尖锐湿疣好发于生殖器、肛周等私密部位。其次，寻常疣的疣体一般表面粗糙，呈乳头瘤样增生；尖锐湿疣的疣体通常呈菜花状、鸡冠样等形态。再者，寻常疣生长相对缓慢，尖锐湿疣生长速度可能较快。
另外，寻常疣一般没有不洁性接触史相关，而尖锐湿疣往往有不洁性接触史作为诱因。还有，通过病理检查等辅助手段也可进一步精准鉴别，寻常疣和尖锐湿疣在病理表现上有不同特点。
在治疗方面，两者也有差异，寻常疣可采用物理治疗等方法，尖锐湿疣除物理治疗外，还需考虑抗病毒等综合治疗。
