避孕套能降低尖锐湿疣的感染风险，但不能完全杜绝。
首先，避孕套可以覆盖部分易感染区域，减少皮肤黏膜与病毒的直接接触。然而，尖锐湿疣的疣体可能生长在避孕套未覆盖的部位，比如肛周等。其次，病毒可能通过皮肤黏膜的微小破损处感染，即使有避孕套防护，也不能保证万无一失。另外，尖锐湿疣病毒可在接触部位周围扩散，仅靠避孕套不能阻断所有感染途径。
再者，使用质量不合格或佩戴不当的避孕套，防护效果会大打折扣。而且，在性活动中，避孕套可能出现滑落、破裂等情况，从而增加感染风险。
还有，尖锐湿疣具有一定的亚临床感染状态，感染部位可能肉眼不可见，此时避孕套也无法有效阻挡病毒传播。
