乳头状瘤多由局部炎症刺激等引起，尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致。
首先，病因不同，乳头状瘤常因慢性炎症等长期刺激局部组织增生形成；而尖锐湿疣明确由特定的HPV病毒感染引发。其次，外观表现有差异，乳头状瘤形态相对较为规则，尖锐湿疣通常呈菜花状、乳头状等特殊形态。再者，治疗方式也有区别，乳头状瘤可能通过手术等切除为主，尖锐湿疣除手术外还需针对病毒进行抗HPV等治疗。
另外，乳头状瘤一般生长较为局限，尖锐湿疣有传染性，可通过性接触等传播。还有，两者好发部位虽有部分重叠，但具体情况也有不同，乳头状瘤可出现在多个部位，尖锐湿疣在生殖器等部位较为常见。
