阴茎癌多有肿物经久不愈、易出血、溃疡边缘硬等表现；阴茎尖锐湿疣多为淡红色小丘疹，逐渐增多增大，呈菜花状等，可通过临床表现初步区分。
首先看肿物形态，阴茎癌的肿物常呈菜花状或溃疡状，边界不清且易出血；而阴茎尖锐湿疣的疣体通常是淡红色、柔软的小丘疹，逐渐融合成菜花状等。其次看生长速度，阴茎癌生长相对较快，而阴茎尖锐湿疣生长速度相对较慢。另外，阴茎癌一般有局部疼痛、恶臭等表现，阴茎尖锐湿疣一般疼痛不明显。
再从病史方面，阴茎癌多与包皮过长、慢性炎症刺激等有关，阴茎尖锐湿疣多有不洁性生活史。还有通过病理检查来确诊，病理检查能明确肿物的性质，是区分两者的金标准。
