胆囊腺肌症的发病原因尚未完全明确，目前认为与慢性炎症刺激、胆囊管或颈部梗阻、神经内分泌调节失衡及遗传易感性等多因素相关。
慢性炎症刺激：长期胆囊炎、胆道感染等慢性炎症可反复损伤胆囊黏膜，在黏膜修复过程中，异常增生机制可能被激活，导致黏膜腺体和肌层组织肥厚。女性患者因激素水平波动，对慢性炎症的易感性可能更高，尤其是反复发作的胆囊炎或胆道感染史者需警惕。
胆囊管/颈部梗阻：胆囊管或其颈部的狭窄、阻塞（如胆囊结石嵌顿、息肉压迫或局部粘连）可导致胆汁排出不畅，胆囊腔内压力升高，长期刺激黏膜增生与肌层肥大。此类情况在胆囊结石患者中较为常见，结石长期压迫或阻塞可逐步引发腺肌症病理改变。
神经内分泌调节失衡：胆囊腺肌症的性别差异提示激素因素可能参与发病，女性患者发病率略高于男性，可能与雌激素、孕激素等激素水平波动相关。育龄期女性或更年期女性因激素变化，胆囊壁神经内分泌调节失衡，可能导致黏膜细胞异常增殖，形成腺肌症结构改变。
遗传易感性：部分研究显示胆囊腺肌症存在家族聚集倾向，具有胆囊疾病史（如胆囊炎、胆结石）家族史者，发生腺肌症的遗传风险可能增加，但具体遗传机制（如基因突变或表观遗传学调控）尚未明确，需进一步研究证实。
