功能性胃肠病的原因涉及多因素，包括胃肠动力异常、内脏高敏感性、脑肠轴调节失衡、肠道菌群紊乱及心理社会因素，无器质性病变但症状持续存在。
胃肠动力异常表现为胃排空延迟或加速、肠道蠕动紊乱，常见于餐后饱胀、早饱感及排便异常，尤其与年龄增长导致的胃肠功能退化相关。
内脏高敏感性使肠道对正常刺激反应增强，产生疼痛或不适，女性因激素波动（如月经周期）更易触发，焦虑情绪可加重此现象。
脑肠轴调节失衡涉及中枢神经对胃肠信号处理异常，长期压力、睡眠障碍会破坏神经内分泌平衡，青少年学业压力、职场人士工作节奏快均增加风险。
肠道菌群紊乱改变肠道微环境，影响消化酶分泌与短链脂肪酸生成，长期饮食不规律、抗生素使用可破坏菌群结构，加重功能性症状。
特殊人群需注意：儿童应避免过度节食与零食，以规律三餐为主；老年人需警惕药物诱发的胃肠反应，优先非药物干预；孕妇可通过少量多餐减轻症状，避免刺激性食物。
