功能性胃肠病的药物治疗以对症治疗为主，常用药物包括促胃肠动力药、解痉药、抗抑郁药、益生菌等，需根据症状类型和个体情况选择。
促胃肠动力药适用于餐后饱胀、早饱感等症状，如多潘立酮等，可促进胃肠蠕动，缓解消化不良症状。
解痉药用于腹痛症状明显者，如匹维溴铵等，可缓解肠道平滑肌痉挛，减轻疼痛。
抗抑郁药适用于伴有明显焦虑、抑郁情绪的患者，如三环类抗抑郁药等，需在医生指导下使用，注意药物副作用。
益生菌可调节肠道菌群，改善肠道功能紊乱，适用于肠道菌群失调相关的胃肠症状，对儿童也可谨慎使用。
特殊人群中，孕妇、哺乳期女性及肝肾功能不全者用药需严格评估风险，儿童应优先考虑非药物干预，避免使用刺激性药物。老年人用药需注意药物相互作用，从小剂量开始逐步调整。
