HPV病毒感染通常可以治愈。
多数情况下，约80%的感染者可在1-2年内通过自身免疫系统完全清除病毒，尤其是低危型HPV感染，可能仅引起短暂皮肤黏膜病变，如寻常疣或生殖器疣，病变消退后病毒也随之消失。免疫系统功能正常者清除病毒的概率更高，日常保持规律作息、均衡营养有助于增强免疫力。但是，持续高危型HPV感染可能无法自愈，如16型、18型长期感染可能引发宫颈癌前病变甚至宫颈癌。
此类情况需通过阴道镜检查、活检明确病变程度，采用激光、冷冻或手术切除治疗，如遵医嘱使用氟尿嘧啶等药物可辅助抑制病毒复制，但无法直接杀灭病毒。定期复查和随访对监测病情进展较为重要。
