骨髓移植成功率受多种因素影响，总体在不同疾病和人群中差异较大，一般而言，血液系统恶性疾病如白血病、淋巴瘤等的移植成功率约30%~70%，而非恶性疾病如重型再生障碍性贫血等成功率相对较高，可达60%~90%。
- 疾病类型与阶段：白血病患者在首次完全缓解期移植成功率最高，约50%~70%；复发或难治性病例成功率降至30%~50%。重型再生障碍性贫血患者移植成功率通常高于80%，先天性免疫缺陷病等非恶性疾病成功率可达90%以上。
- 供体匹配程度：全相合亲属供体成功率显著高于半相合亲属或无关供体，前者5年生存率约60%~70%，后者约40%~60%。HLA（人类白细胞抗原）匹配程度越高，排斥反应风险越低，移植成功率相应提升。
- 患者年龄与身体状况：20~40岁成年患者成功率普遍高于老年患者，老年患者（>50岁）因器官功能退化，并发症风险增加，成功率约降低20%~30%。患有严重感染、肝肾功能不全或其他基础疾病的患者，成功率也会显著下降。
- 移植后并发症：移植后感染、移植物抗宿主病是影响成功率的关键因素。感染控制良好、无严重GVHD（移植物抗宿主病）的患者，5年生存率可达50%~80%；若出现严重感染或GVHD，成功率可能降至20%以下。
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