尼帕病毒传染后部分患者会留下后遗症，且后遗症的严重程度与病情密切相关。
轻症患者若未出现并发症，通常不会遗留显著后遗症；但重症患者若并发脑炎，约20%的幸存者可能面临长期神经系统损伤。常见的后遗症包括神经系统症状，如记忆力减退、注意力不集中、癫痫发作、肢体瘫痪等；呼吸系统症状，如持续性呼吸困难、慢性咳嗽；以及全身性虚弱，如长期疲劳、身体虚弱感。部分患者还可能出现人格改变、抑郁、焦虑等精神心理症状。
后遗症的康复需结合神经功能训练、呼吸支持及心理干预，定期健康检查可早期发现潜在问题，合理饮食、适度运动及充足休息有助于身体恢复。
