尼帕病毒一般会侵袭神经系统。
作为嗜神经性病毒，它可直接突破血脑屏障，感染脑神经元和胶质细胞，引发脑炎或脑膜炎。病毒通过破坏脑血管内皮细胞紧密连接，侵入脑实质后大量复制，导致神经元死亡和炎症风暴，进而引发脑水肿、颅内压升高及脑组织坏死。患者常出现剧烈头痛、意识模糊、抽搐甚至昏迷，部分病例伴随脑干功能失调，如瞳孔异常或呼吸节律紊乱。重症患者可能在短时间内从嗜睡状态陷入深度昏迷，提示脑组织严重受损。
约20%的幸存者会遗留长期神经系统后遗症，包括认知障碍、运动协调障碍、癫痫发作及人格改变。这些症状与病毒对基底节、丘脑等关键脑区的直接损伤，或免疫介导的脱髓鞘病变密切相关。
