尼帕病毒感染一般会严重影响身体健康。
该病毒可直接侵袭中枢神经系统，引发脑炎或脑膜炎，患者初期出现头痛、发热，迅速进展为嗜睡、定向力丧失，甚至深度昏迷，脑水肿和颅内压升高可能危及生命，部分病例还会遗留癫痫、认知障碍或人格改变等长期后遗症。病毒还会攻击肺部组织，导致急性呼吸窘迫综合征，患者突发气促、血氧饱和度急剧下降，需机械通气支持，重症患者常因肺换气功能障碍合并严重低氧血症，最终呼吸循环衰竭。
此外，病毒血症会引发全身炎症风暴，累及心、肝、肾等多器官，导致心律失常、心源性休克、肝脏转氨酶升高、急性肾小管坏死等，多系统协同恶化常是死亡直接原因，病死率高达40%至75%。
