感染尼帕病毒对身体的伤害极为严重，可能引发多系统损伤甚至死亡。
该病毒主要攻击中枢神经系统和呼吸系统，初期表现为高热、头痛、肌肉酸痛，随后迅速进展为脑炎或脑膜炎，患者可能出现意识模糊、抽搐、昏迷等症状。脑水肿和颅内压升高是常见并发症，严重时可导致脑疝形成，危及生命。病毒侵袭肺部组织，引发急性呼吸窘迫综合征，患者突发气促、血氧饱和度骤降，需机械通气支持。重症患者常因肺换气功能障碍合并严重低氧血症，最终呼吸循环衰竭。
约20%的患者会出现癫痫、认知障碍、人格改变等不可逆神经损伤，部分需长期康复治疗。该病病死率高达40%-75%，死亡多发生于发病后10天内，快速进展的脑水肿和呼吸衰竭是主要致死原因。
