结肠息肉预后大多良好，但息肉病因癌变风险高，预后相对较差。
结肠息肉的预后与息肉性质、大小、数量及治疗方式密切相关。腺瘤性息肉虽属癌前病变，但早期内镜下完整切除后复发率低，癌变风险仅约1%-5%，术后5年生存率超90%。增生性息肉极少恶变，通常无需特殊治疗，定期随访即可。炎性息肉在控制原发肠道炎症后多能自行消退，预后良好。
息肉病如家族性腺瘤性息肉病，肠道内可出现数百至上千颗息肉，癌变风险极高，需终身监测甚至预防性结肠切除，预后较差。此外，息肉大小也是关键因素，直径大于2厘米的息肉癌变风险显著增加，需更密切随访。多发性息肉患者复发风险较高，建议每6-12个月复查肠镜。
