枯草杆菌在临床应用中相对安全，但仍可能存在过敏反应、肠道菌群紊乱、感染风险等副作用。
过敏反应：部分人群可能对枯草杆菌及其代谢产物过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等症状，需立即停药并就医。
肠道菌群紊乱：长期或不当使用可能破坏肠道菌群平衡，引起腹胀、腹泻或便秘，尤其婴幼儿肠道功能较弱，需谨慎使用。
感染风险：免疫功能低下者（如长期使用免疫抑制剂、患有慢性疾病）可能因使用含活菌的制剂而增加感染风险，应遵医嘱使用。
特殊人群注意：孕妇、哺乳期女性及婴幼儿使用前需咨询医生，避免自行用药；对产品成分过敏者禁用，过敏体质者慎用。
