支气管镜检查通常不会造成剧烈痛苦，但可能引发轻度不适，多数患者可耐受。
检查前，医生会通过喷雾或凝胶对鼻腔、咽喉进行局部麻醉，显著降低插管时的敏感度。检查过程中，镜体通过声门时可能引发反射性咳嗽或短暂憋气感，但配合医生指令进行缓慢深呼吸可有效缓解。现代支气管镜管径细、材质柔软，大幅减少了对气道黏膜的机械刺激。若患者对疼痛敏感或存在气道狭窄，可选择无痛支气管镜，通过静脉麻醉使患者在睡眠状态下完成检查，全程无痛苦。
检查后需禁食禁水2小时，少数患者可能出现痰中带血或声音嘶哑，通常24小时内自行缓解。
