婴儿细菌性肠炎根治需结合病原体类型、病情严重程度及患儿个体情况，关键在于规范使用敏感抗生素（需医生诊断后开具），同时配合补液、营养支持等综合治疗，多数患儿在7~14天内可痊愈。
- 普通细菌性感染：多由沙门氏菌、大肠杆菌等引起，需根据药敏试验选用抗生素（如头孢类），同时补充口服补液盐预防脱水，避免使用止泻药抑制肠道排毒。
- 重症感染（伴高热/脱水/中毒症状）：需住院治疗，通过静脉给药控制感染，监测电解质变化，必要时输血纠正贫血，密切观察精神状态及尿量。
- 早产儿/免疫缺陷患儿：治疗需更谨慎，优先使用窄谱抗生素，密切监测肠道菌群平衡，避免滥用广谱抗生素导致耐药性，可预防性补充益生菌调节肠道环境。
- 慢性感染（持续腹泻超过2周）：需排查耐药菌感染或合并其他疾病（如牛奶蛋白过敏），调整抗生素方案，同时进行饮食管理（如深度水解蛋白奶粉），定期复查肠道功能。
治疗期间需严格遵循医嘱，避免自行停药或调整剂量；注意卫生，患儿餐具、玩具需彻底消毒；母乳喂养婴儿可继续哺乳，配方奶喂养者需在医生指导下调整奶液浓度或暂停辅食。
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