囊肿症状因类型和位置而异，多数无症状，较大或压迫周围组织时可能出现局部肿胀、疼痛或功能障碍。
皮下囊肿表现为皮下圆形或椭圆形肿块，质地柔软，可推动，一般无自觉症状，但若感染会出现红肿热痛。
内脏囊肿如肝囊肿，小囊肿多无症状，大囊肿可能引起右上腹隐痛、腹胀；肾囊肿可能导致腰部酸胀、血尿或肾功能异常。
关节囊肿常表现为关节周围无痛性肿块，活动时可能增大，压迫神经或血管时会出现麻木、疼痛或肢体肿胀。
特殊人群中，婴幼儿囊肿需警惕先天性发育异常，孕妇因激素变化可能加重囊肿症状，老年人囊肿恶变风险相对较高，需定期检查。
