巴氏腺囊肿可以不做手术，较小且无症状的囊肿可观察随访，较大或有症状者需干预。
囊肿较小且无症状：直径＜3cm、无疼痛或感染，可定期观察（如每1-3个月），无需手术。日常注意保持外阴清洁，避免挤压刺激。
囊肿感染或急性发作：若出现红肿热痛，需先抗感染治疗（如口服抗生素），待炎症消退后再评估是否手术。反复感染者建议手术。
囊肿持续增大或影响生活：直径＞3cm、反复感染、性生活不适，需手术（如造口术），术后复发率低，安全性高。
特殊人群注意：孕妇需在医生指导下评估，优先保守治疗；糖尿病患者感染风险高，需控制血糖并密切随访。
