脑部核磁共振的检查具有多方位切片，多参数成像的特点，能更加准确的显现病变的位置、范围、大小，还有组织学的特性，是发现脑内结构性病变的首选检查方法，但是价格上比较昂贵。
相对于头部CT，比如怀疑急性脑梗塞的时候一定要做磁共振的检查，因为磁共振的检查比CT显像要早，对于早期判断患者的预后有一定好处，为治疗提供方向。
对于其他的问题比如脑部肿瘤、脑部炎性病变、脑白质病变，还有大脑的颅内占位等问题，显现的更加敏感。而且头部核磁对于患者的脑干部位显影更加清晰，要比CT好，因为CT可能受伪影的限制，对于脑干观察的不是很清楚。
