扁平疣有可能不治自愈，但多数情况下病程较长（数月至数年），且存在扩散风险。
部分免疫力较强者可自愈：约15%免疫力良好的患者在数月至2年内自然消退，消退后一般不复发。
多数需干预治疗：若疣体持续增多、影响外观或出现瘙痒，建议尽早治疗。常用方法包括外用药物（如水杨酸、维A酸类）、物理治疗（如冷冻、激光）。
特殊人群需谨慎：孕妇、哺乳期女性及肝肾功能不全者，治疗前需咨询医生，避免药物影响。儿童应优先选择温和的非侵入性方法。
生活方式辅助：保持皮肤清洁，避免搔抓，减少与他人共用毛巾、护肤品，增强免疫力有助于减少复发。
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