小脑幕切迹疝是脑干中的中脑和动眼神经受压，中脑的大脑脚是锥体束集中地方，是支配肢体活动结构；中脑内含有网状上行结构，是支配意识的重要结构；动眼神经是支配瞳孔变化的神经。
所以小脑幕切迹疝首先引起的是瞳孔、肌力和神志的变化，表现为昏迷、瞳孔一侧散大，光反应消失、对侧肢体偏瘫，继而出现双侧瞳孔散大，最后由于脑疝晚期，延髓受压导致呼吸心跳停止、死亡。
枕骨大孔疝是由于小脑扁桃体直接压迫延髓生命中枢，所以在没有意识或者瞳孔变化的情况下，突然出现呼吸心跳停止等生命体征变化。
所以两种脑疝的最大区别是枕骨大孔疝生命体征变化较早，意识瞳孔变化较晚；而小脑幕切迹疝是先有意识瞳孔变化，最后才有生命体征变化。
