甲状腺微波消融术存在一定局限性，如术后即刻疼痛、短期吞咽不适等，部分患者可能出现甲状腺功能异常，且对结节大小、位置有一定要求。
对于结节直径较大（超过3cm）的患者，微波消融的有效率可能降低，且操作难度增加，并发症风险相对上升。
术后可能出现局部血肿，尤其是凝血功能不佳或服用抗凝药物的患者，需术前评估并提前停药。
消融后局部组织水肿可能导致短期内结节相关症状（如压迫感）加重，需观察1-2周，特殊人群如妊娠期女性需严格评估必要性。
该技术对超声设备和医生经验要求较高，若操作不当可能损伤周围组织，建议选择经验丰富的医疗团队实施。
