肛瘘主要通过手术治疗，包括肛瘘切开术、挂线疗法等，急性发作期可先抗感染治疗控制症状，手术需在正规医疗机构由专业医生评估后实施。
手术治疗：低位肛瘘可行肛瘘切开术，高位肛瘘常用挂线疗法，利用橡皮筋缓慢切割瘘管，保护肛门功能。手术需根据瘘管位置、内口情况选择术式，术后需定期换药促进愈合。
药物辅助：急性感染期可短期使用抗生素控制感染，疼痛明显时可使用非甾体抗炎药缓解症状，但药物仅为辅助手段，无法替代手术。
特殊人群注意：儿童患者需由儿科与肛肠专科医生联合评估，优先选择创伤小的术式；老年患者合并基础疾病（如糖尿病）时，需严格控制血糖，降低术后感染风险。
术后护理：术后保持肛门清洁，温水坐浴促进局部血液循环，饮食清淡避免辛辣刺激，规律排便防止便秘或腹泻影响愈合。
