目前大部分的中枢神经系统感染是可以治好的。最常见的中枢神经系统感染类型是病毒性脑膜炎，这种疾病具有自限性，给予正规的抗病毒治疗以后，大多数患者都可以在三周内完全好转，不留明显后遗症。
病毒性脑炎则相对要严重一些，需要行及早并较长时间的抗病毒治疗，部分患者会遗留一定的后遗症，比如记忆力下降、癫痫发作、精神症状。
细菌感染导致的化脓性脑膜炎，疾病往往较凶险，但是大多数对抗生素较敏感，治疗反应良好，一般3~4周可以治愈。结核性脑膜炎，则治疗周期较长，一般可能需要1~2年。
隐球菌脑膜炎治愈率较低，患者死亡率相对较高。朊蛋白病患者最终都会死亡，无法治愈。
