肛瘘的药物治疗以控制感染、缓解症状为主，无法根治，需结合手术等综合治疗。
一、急性感染期药物
抗生素（如头孢类、甲硝唑）可控制急性炎症，需在医生指导下使用，避免长期滥用。
二、局部用药
外用抗菌药膏（如莫匹罗星软膏）、坐浴（温水或高锰酸钾溶液）可清洁创面、减轻疼痛，儿童坐浴需注意水温安全。
三、特殊人群用药
孕妇、哺乳期女性及儿童需谨慎选择药物，优先非药物干预，必要时咨询专科医生。
四、辅助治疗药物
缓泻剂（如乳果糖）可减少排便时疼痛，膳食纤维（如燕麦、芹菜）辅助改善便秘，促进愈合。
五、术后用药
术后短期使用非甾体抗炎药（如布洛芬）缓解疼痛，需注意胃肠道刺激，避免空腹服用。
