治疗重症肌无力的药物分为对症治疗和病因治疗两个部分，对症治疗常用溴吡斯的明，一般一次30~45毫克，一天3~4次，也可以用到6次，要注意观察有无副作用，比如腹痛、腹泻、瞳孔缩小、流泪等。
病因治疗主要使用糖皮质激素、免疫抑制剂，一般急性期使用大剂量激素冲击治疗，甲基强的松龙，一次0.5~1.0克，使用三天后减半量，再使用三天后，改强的松口服，之后根据患者症状，每10天或一周减1~2片，减量至20毫克时长期维持，至少半年。
也可以使用免疫抑制剂硫唑嘌呤长期维持，能够减少激素的用量，降低复发率，但副作用相对较大。急性期还可以考虑使用丙种球蛋白，副作用较少，但价格相对昂贵。
