复杂性肛瘘治疗以手术为主，需结合病因、病情分期及患者个体情况选择术式，如肛瘘切开挂线术、瘘管剔除术等，同时需注意术后感染及复发风险。
单纯性复杂性肛瘘：单纯性肛瘘通常病程短、瘘管简单，采用肛瘘切开术或肛瘘挂线术可有效治疗，术后需保持局部清洁，避免感染。
复杂性肛瘘合并其他疾病：若合并克罗恩病、糖尿病等，需先控制基础疾病，再根据瘘管分布选择分期手术，如分阶段进行肛瘘切开与重建，同时需监测血糖变化，避免感染风险。
特殊人群治疗：儿童患者应尽量采用保守治疗，如局部冲洗、坐浴，必要时行微创挂线术；老年患者需评估全身状况，优先选择创伤小的术式，如瘘管剔除术，同时加强营养支持。
术后护理：术后需每日清洁换药，保持大便通畅，避免便秘或腹泻刺激伤口；糖尿病患者需严格控制血糖，定期复查，预防感染扩散。
