左旋肉碱在规范使用下副作用相对较少，但过量或不当服用时，仍可能引发一系列不良反应，需根据个体情况合理把控。
正常剂量补充左旋肉碱，大多数人不会出现明显不适，部分敏感人群可能仅出现轻微胃肠道反应，如腹胀、腹泻、恶心或呕吐，这些症状通常与剂量相关，调整用量后多数可自行缓解。同时，极少数人可能出现口干、失眠或头痛，多与个体体质差异有关，且多为一过性，停用后即可消失，一般不会对身体造成长期影响。不过，当过量摄入左旋肉碱时，会超出身体代谢负荷，加剧胃肠道不适，还可能引发心慌、心动过速等心血管反应，长期过量还可能增加肾脏代谢负担。
