婴儿灌肠可能存在副作用，具体取决于灌肠类型、频率及个体耐受性。
药物灌肠可能引起肠道菌群紊乱，增加感染风险，尤其1岁以下婴儿肠道屏障功能尚未成熟，需严格遵医嘱使用。
清洁灌肠若操作不当，可能导致肠道黏膜损伤、电解质失衡，表现为腹痛、腹泻或便秘，频繁使用还可能削弱肠道自主排便能力。
特殊类型灌肠（如中药保留灌肠）缺乏标准化研究，成分复杂可能引发过敏反应，建议优先选择经循证验证的医疗手段。
低龄婴儿（<6个月）应避免灌肠，6个月以上婴儿需由专业人员操作，过程中若出现持续哭闹、呕吐或便血，需立即就医。
