复方扶芳藤合剂缺少系统完整的副作用统计记录，但依旧不能忽视用药带来的潜在身体风险。
复方扶芳藤合剂的整体药性偏温补，如果不属于气血不足心脾两虚证的人群服用，容易出现体内积热，带来口干、烦躁等身体表现。也不能完全排除少数个体对组方内药材成分不耐受，诱发过敏相关躯体反应的情况，该类情况没有纳入现有资料记载。正是因为缺少明确副作用条目，更要强化用药期间自我观察，不能盲目长期服用复方扶芳藤合剂，具体用药请谨遵医嘱。
用药之后一旦出现新发的身体不适，无论轻重程度，都应当及时停药，寻求专业医疗评估。特殊人群服用复方扶芳藤合剂需要遵医嘱用药，服药之后症状没有改善，也应当及时前往医院进行检查。
