复方黄芩片暂无特异性毒副作用，不良反应多和本身苦寒药性、个人体质相关。
复方黄芩片整体药性寒凉，脾胃偏弱的人群服用之后，容易出现胃肠道方面的不适感。少数体质敏感者，有可能出现对药物成分不耐受的情况，一旦出现皮肤瘙痒、皮疹等异常，就要立刻停止服用。长期没有指征随意服用，寒凉药性会耗伤脾胃阳气，进而影响正常消化功能。
此外，用药过程当中应当持续观察自身感受，把控服用时长，不建议自行延长用药周期。若同时服用其他药物，应当提前咨询专业人员，规避药物之间相互带来的影响，遵医嘱用药，降低身体出现不适的风险。
