首先是垂体下丘脑疾病，比如卡尔曼综合征、克氏征，有隐睾、睾丸萎缩输精管问题，还有精索静脉曲张，最后是生殖道的慢性炎症等疾病导致。作为医学判断，睾丸前和睾丸后的疾病会导致男性不育，比如隐睾、睾丸萎缩、输精管梗阻等。垂体下丘脑的疾病也会导致男性不育，比如卡尔曼综合征染色体疾病、克氏征等。对于比较常见的精索静脉曲张，普遍人群的发生率大概是15%。大部分的精索静脉曲张并不出现症状，也不导致生育问题。但在一部分患者身上，可能影响精液质量，从而导致不育。最后就是生殖道的慢性炎症，感染会不会导致男性的不育，对于不同的类型是有争议的。比如淋球菌和衣原体可能对生育的影响比较大，但是也发现很多支原体可能对男性的生育力会产生影响。
