对于卵巢子宫内膜异位囊肿可以通过腹腔镜囊肿剥除，或者是超声引导下囊肿穿刺抽吸液体，囊内注射无水酒精等药物来杀伤囊内膜，杀死囊内壁细胞，而达到清除卵巢巧囊目的。 首先要明确巧克力囊肿是什么性质，所谓卵巢巧克力囊肿是指卵巢囊肿内有陈旧性积血，所以液体是巧克力色，又叫咖啡色，简称卵巢巧囊。 一般来讲卵巢巧囊绝大部分是由于子宫内膜异位症造成的。那对于卵巢子宫内膜异位囊肿可以通过腹腔镜囊肿剥除，或者是超声引导下囊肿穿刺抽吸液体，囊内注射无水酒精等药物来杀伤囊内膜，杀死囊内壁细胞，而达到清除卵巢巧囊目的。 但如果说是卵巢浆液性或粘液性囊腺瘤，则需要通过腹腔镜或者开腹手术将囊肿剥除，进行组织病理学检查，然后再进行相应处理。对于卵巢子宫内膜异位囊肿除了手术干预以外，还需要用药物治疗，因为手术干预只是清除了这个囊肿，只要患者还有月经，就会复发，所以还通过用药物来控制它或者是延缓复发。
