肺孢子菌性肺炎在临床上称为卡氏肺囊虫性肺炎,主要由于这种疾病是一种免疫功能低下病人才易于发生的疾病,这种疾病发生之后,首先要进行药物治疗,药物治疗可以用一些磺胺类的药物进行先期治疗。效果不好,还可以用一些抗真菌的药物,像棘球蛋白素类的疾病或者是卡泊芬净这一类的,对肺孢子菌性肺炎有很好的效果。在治疗的同时也要增强病人抵抗力,因为这种疾病大多数是由于自身抵抗力下降所造成,如艾滋病或者是肝移植或肾移植的病人,这类病人需要长时间的口服免疫制剂,最终就容易反复的发生肺孢子菌性肺炎,因此,将原发病治愈是最好的防治方法。