急性肾盂肾炎属于上尿路感染,首先,绝大部分的致病菌是革兰氏阴性杆菌,约85%是以大肠埃希菌最多见。其次,则是以变形杆菌克雷伯杆菌为主,约10%的病人是由革兰氏阳性细菌造成,以肠球菌和葡萄球菌多见。针对不同类型的细菌感染,多见的致病菌也有所差异,如大肠埃希菌主要是见于无症状性细菌尿或者是非复杂性的尿路感染,以及首次发生的尿路感染。而尿路器械操作后、复杂性的尿路感染和医院内的感染,则多以肠球菌和变形杆菌、克雷伯杆菌多见。其中,变形杆菌多见于伴随尿路结石的病人,铜绿假单胞菌多见于尿路机械检查后,而金黄色葡萄球菌则多见于血源性的感染。