阴茎疼痛来源于泌尿系统感染的可能性比较大，泌尿系感染是多见的细菌进入到尿道、膀胱后，造成膀胱以及尿道黏膜损伤，产生尿频、尿急、尿痛，甚至血尿、发热、寒战等表现。如果以尿道炎症为主，阴茎在自然状态或者排尿时疼痛会有明显表现出。还有一部分是因为泌尿系统结石造成的，包括输尿管下段结石、膀胱结石，甚至尿道结石造成的排尿不畅，排尿疼痛、刺痛、难受。多数尿道结石可能是嵌顿在尿道的舟状窝，在尿道外口多半可以摸到结石。部分病人可能存在泌尿系肿瘤或者慢性的膀胱炎症、前列腺炎症等刺激，放射性造成阴茎疼痛，需要进行详细的泌尿系统B超和尿常规等检测，进一步明确诊断。
