现阶段在临床上,肛门闭锁的原因并不明确。因为肛门闭锁多发生在新生儿,主要是先天性的消化道发育畸形造成的。而先天性的消化道发育畸形,这个跟胎儿在怀孕期间发育不良有直接的关系,而影响的因素可能是孕妇服用的药物,或者是环境等多种因素造成基因突变,造成消化道发育畸形。或者是本身存在家族的遗传史,这种情况下也可能造成肛门闭锁。因此对于肛门闭锁的病人,在新生儿的时候就应当积极的采取手术治疗。正常情况下,在3~6个月手术是相对更好的,因为这个时候盆底肌肉结构神经发育比较明晰,这样的话手术中对于腹腔、盆腔的损伤将会更小。