先天性巨结肠的治疗,包括保守治疗和手术治疗,但是最主要的还是根治手术切除无神经节细胞肠段和部分扩张的结肠,因为先天性巨结肠的许多并发症主要发生在生后两个月以内,因此就需要特别重视在此期间进行治疗,保守治疗包括口服缓泻剂、润滑剂来帮助排便,比如口服乳果糖和双歧杆菌,也可以使用开塞露,扩肛等刺激肛门括约肌而诱发排便。此外就是灌肠,每天一次注入生理盐水,揉腹以后使灌肠水和粪水排出,无数次就可以逐渐使积存的粪便排出,如果宝宝合并有小肠结肠炎,不能控制的以及营养不良,高热,不能耐受根治手术,或者是保守治疗无效的就应当进行结肠造瘘术。