慢性肠炎病人的主要症状有腹部疼痛、腹泻、水便以及异常消瘦等。肠道表层黏膜长时间受到病原体刺激影响,造成其表现出创伤溃疡以及充血、肿胀现象,因此造成病人腹部持续疼痛的症状。肠道平滑肌发生收缩、痉挛过程中,胃内物质由于内部气压增强会表现出反流性现象,并对局部黏膜造成刺激后表现出反射性恶心、呕吐、反酸、烧心等表现。此外肠道组织正常功能受阻,体内大量水分以及营养成分无法被正常转化、吸收,诱发病人表现出腹泻不止,大便稀溏等不良症状。严重病人排泄物携带有渗出血液以及坏死、脱落组织,还会有大便出血,粪便黏稠等继发性症状。